Межатомное и межмолекулярное пространство заполнено только электромагнитными полями. Источниками полей являются электронные оболочки, магнитные поля и тепловые движения атомов и молекул. Доминирующими источниками теплового (инфракрасного) излучения для газов являются поступательные движения, для жидкостей - вращательные, а в твердых телах - вибрации молекул.
Ну между молекулами воды может находится много чего (как и в любом веществе). Всевозможных примесей, как в виде атомов, молекул, так и в виде ионов, может быть сколько угодно. Но большая часть этого пространства (как и пространства внутри самих молекул и атомов) занята пустотой и квантовыми флуктуациями.
Вещества между атомами нет, так как вещество по определению дискретно, а атомы мельчайшая величина вещества. Но между атомами могут пролетать элементарные частицы. К тому же межатомное пространство заполнено электромагнитным полем.