Как объяснить парню, что мне не нравится, когда у нас ночует его брат в однушке?

Так и сказать. Прямо.
Основная проблема отношений - неумение проговаривать собственные проблемы, замалчивание своего недовольства. Поэтому говорите прямо, но без наезда, спокойно.