Можно ли после двух лет обучения в колледже и сдачи ЕГЭ перейти в ВУЗ, к которому относится колледж, если программа рассчитана на 3 года?

В некоторых случая можно, т к некоторые колледжи выдают аттестат о среднем полном образовании, и если Вы еще сдали ЕГЭ, то можете поступать в вуз. 

Но зачем, если Вы хотите поступать в тот же вуз, при котором учитесь в колледже, и на ту же специальность (или смежную), то скорее всего обучаться в вузе Вы будете по ускоренной программе (не 4 года, а меньше). Более того, для поступления Вам не нужно будет сдавать ЕГЭ, а только вступительные испытания в вузе (они обычно похожи на ЕГЭ, но принимают их менее жестко, т к оценивает резлультаты комисси вуза, а не Минобра). Почитайте статью про поступление в вуз после колледжа.