Разница в длине перелета зависит не только от расстояния, но и от таких моментов полета как руление, ожидание предварительного, схемы выхода и захода. Т,к на эшелоне самолет имеет максимальную скорость, поэтому чистое время на эшелоне будет больше, но в перелете Москва - Пулково будет увеличено время руления и ожидания взлета\посадки всвязи с большим количеством траффика в аэропортах. А в перелете Москва-Челябинск нет такого большого количества траффика.