Междометия вроде "батюшки","господи","боже" и т.п. выражают удивление или негодование : все зависит от того, действительно ли вы рады видеть человека, или это скарказм. Под "батюшкой" в данном случае подразумевается не священнник, а Бог. Это связано с тем, что образ Бога в психоанализе пересекается с образом отца (ведь не спроста в молитвах часто звучит "Отец наш небесный" и "Отче наш").
"Сам Бог, в конце концов, есть лишь возвеличение образа отца" (из "Эволюции родительских образов в психоанализе" Я.Корякова)
Это восклицание — редуцированная форма от «батюшки-светы», что означает обращение к «святым отцам», т.е. изначально употреблялось как риторическое обращение к высшим силам, сейчас свелось к усилению эмоции, аналогичному «чёрт побери», «боже» и многим другим милым сердцу архаизмам.