Голубым цветом кожи отмечали богов участвующих в лилах. Поэтому этот цвет присущ не только Шиве и Вишну. В частности в отдельных эпизодах Кришна, Хануман и другие тоже изображаются с голубым цветом кожи. Кстати, что касается изображений Вишну и Шивы, они тоже не всегда с голубой кожей, все зависит от того, участвуют они на изображении в лилах или нет.
Это не специальный символ чего-то. Какими их некогда, якобы, видели (причём именно видели, а не представляли), такими и изобразили. Согласно описаниям, Кали имеет цвет ночи. Вероятно Брахма цвета Солнца, а Вишну и Шива цвета синевы неба и глубины океана. При этом они излучали мощное сияние. Так что вот как сумели, так и нарисовали.