Есть мнение, что в тот момент власть в Египте контролировали жрецы. Эхнатон затеял реформу, чтобы увести власть от них к фараону, то есть, к себе. В этот период на высокие места в Египте поднялись выходцы из низших слоев, что, видимо, свидетельствует о том, что Эхнатон опирался на них и убирал тех, кто лоялен жрецам. Все прочее - новая столица, культ Атона, переименования - следствие политики на ослабление жрецов.
Скажу прямо, я не египтолог. Написал тут то, о чем нам рассказывали на лекциях на первом курсе. Полагаю, спецы по теме ответят подробнее и интереснее.