На вопрос "почему люди до сих пор верят в Бога?" я, например, отвечал здесь.
Что касается остальных вопросов, то Церковь мы называем священной в рамках христианской догматики, поэтому самым простым ответом на ваш вопрос будут слова - потому что в Символе веры так сказано. Символ веры, в свою очередь, восходит к Писанию, где Церковь также называется святою (Еф. 5:28). Святой же она является по причине того, что ее освятил Бог и вообще, потому что она и есть мистическое тело Христово.
Далее. Тот факт, что церковь (в данном случае уже храм) является постройкой не противоречит ее святости. Человек тоже вот из плоти и крови. Иными словами материя может быть святой и освящаемой.
Ну и слово "священник", наконец, вовсе не подразумевает "святой". Священником он называется потому что служит Богу, священнодействует. А не по причине своей духовной высоты.