На правах студента, окончившего РГУПС и учащегося в СПбГУ, могу сказать, что разница довольно эфемерная. Всё, во-первых, зависит от преподавателей. Подозреваю, что в РГУПС мне с преподавателями повезло больше, чем в СПбГУ. Чего только стоят закостенелые микро- и макроэкономисты, которые за своими "ютилами" не хотят признавать никакой поведенческой экономики. Программа все-таки должна отвечать реалиям. Этого нет. В СПбГУ на всё один ответ - "У нас академическая программа, мы не готовим каких-то там практиков, мы готовим учёных (прим. - лол)". Какой-то свой мир. При этом ценник, понятное дело, тоже больше, чем в других, менее престижных вузах.
И скорее всего, единственный плюс, который получаешь от диплома столичного вуза, это имиджевый капитал, ценность которого, на мой взгляд, со временем угасает. Но деструктивным процессам подвержены все университеты, так что, наверно, вряд ли ситуация поменяется в обозримом будущем.
Хочу еще в этой связи отметить два пункта:
1) В столицу часто едут умные люди, которые столкнувшись с хаосом, царящим в университетах, начинают делать что-то свое. И это очень благоприятная атмосфера - находиться среди людей мыслящих прогрессивно всегда приятно;
2) Как я уже сказал, диплом столичного вуза является более престижным, открывает больше дверей. Но в какой-то момент времени вы можете понять, что ваши ожидания не оправдываются и то, что за этими дверьми, вам, в общем-то не нужно. Это сложно предугадать, но вероятность такая есть.