Смотря что понимать под реинкарнацией. Буддисты — атеисты, так как отрицают существование неизменного Бога-личности, первопричины. Но это не мешает последователям большинства школ верить в перевоплощение ума. И тут нет противоречия, потому что ум в буддизме не равен душе. Ум там представляется потоком мгновенных явлений, как кадры кинофильма или капли, составляющие ручей. В буддизме ум, находясь в состоянии сансары, подчиняется законам причин-следствий, поэтому из-за движений ума возникают следствия, приводящие к его последующим воплощениям в других формах. Причины этого находятся только внутри самого ума и никакие божества в этом не участвуют.
Если наука докажет, что возникновение сознания в мозгу невозможно без дополнительной внешней причины, каких-нибудь сложно обнаруживаемых или виртуальных частиц или полей, или неизвестных форм существования материи, которые после смерти отсоединяются и присоединяются к другой форме, то можно это будет понимать как что-то похожее на реинкарнацию. И тут не требуется участие богов.