Дословное значение латинского слова secta - "школа". Изначально в этом слове не было никакого отрицательного или уничижительного смысла. Существовали разные "школы" в философии или религии, по разному трактующие те или иные темы, учащие по разной методике. Это только в христианстве, с его идеей единственно правильного понимания истины, и вредной ошибочности всех других пониманий, это слово стало иметь отрицательный характер.
Поэтому - да, с точки зрения христианина соответствующей конфессии ЛЮБЫЕ религиозные огранизации, отличные от той, к которой принадлежит он сам, являются "сектами", вне зависимости от того, когда они появились. Так, для православного христианина сектантами будут лютеране, а для тех - принадлежащие армянской церкви, и уж точно для всех них будут сектантами любые "нехристиане".
С другой стороны, например в буддизме, слово, эквивалентное "секта", не имеет никакой отрицательной окраски. Там существуют множество школ, интерпретирующих Учение, и каждая из них считается просто одним из способов достижения истины.