Тут несколько факторов: 1) Александр I в 1822 году - это уже далеко не Александр I в 1802 году. Император постарел, был под огромным влиянием радикально-правой православной партии при дворе, по указкам которой удалил реформатора М. Сперанского и свернул практически все либеральные реформы, которые начинал. Внутреннюю политику он отдал Аракчееву, образованием и культурой занимались Магницкий и Рунич - это время "аракчеевщины", подготовка к эпохе "православия-самодержавия-народности". От императора были отстранены европоцентричные придворные-мистики во главе с А. Голицыным.
2) Во время Венского конгресса по разделу пост-наполеоновской Европы и потом, после возвращения из заграничных походов в Россию Александр был, к сожалению, на внешнеполитической арене игрушкой великого австрийского дипломата Клеменса фон Меттерниха и великого французского дипломата Шарля-Мориса де Талейрана (который руководил МИДом при трех режимах в своей стране). Через третьих лиц, сами лично, через анонимные подброшенные брошюры и своих ставленников при русском дворе они убедили императора, что зловещие иллюминаты (которых к тому времени не было уже больше 30 лет) хотят развалить его империю, внедрившись в его армию во время ее пребывания в Европе, так что лучше поскорее увести их обратно в Россию (русские части стояли во Франции, Австрии и других европейских странах уже год) и там зачистить от всех слишком умных. Поэтому Александр поскорее свернулся и с огромными дипломатическими потерями, отдав почти все положенные стране-победительнице преимущества австриякам, отбыл на родину и там начал спешно сворачивать гражданские и дворянские свободы - от страха. Но даже тут он вряд ли стал бы официально закрывать все тайные общества.
3) К 1815 г. в российском масонстве было две крупные группировки - Великая провинциальная ложа (строгая военная дисциплина, церковность, единоначалие) и Великая ложа "Астрея" (более либеральная, на демократических принципах выборности руководства). Пара мистических кружков розенкрейцеров, пара крошечных локальных организаций типа "Союза русских рыцарей" погоды не делали, потому что не имели никакого влияния, и их члены также состояли в масонстве. Обе великие ложи отправляли в полицию все свои списки 4 раза в год, а также каждый протокол собрания каждой ложи. Всё было подконтрольно Аракчееву (к тому же члену ложи "Соединенных друзей"). Но. На протяжении 7 лет с момента основания Великой ложи "Астрея" в 1815 г. и полиция, и император ежемесячно получали тонны пасквилей масонов друг на друга - великие ложи обвиняли одна другую в государственной измене, якобинстве, революционных настроениях и растратах денежных средств. При дворе члены конкурирующих структур постоянно наушничали друг на друга, плели интриги и старались "закрыть" противников. В 1822 г. императору это надоело, и он приказал закрыться им всем. Что и произошло. Он не был их ненавистником, они просто его достали. А вот Николай I в 1826 г. уже специально подтвердил запрет на членство в тайных обществах и потребовал со всех дворян и госслужащих подписки в этом.