Начнем с того, что взятия Токио так и не случилось, а ввод оккупационных сил в Японию начался уже в конце 1945 года, после подписания Акта о капитуляции Японии.
Подписывать капитуляцию на территории противника, не оккупированной, не разрушенной, будучи окруженными непредсказуемыми и коварными японцами, способными выкинуть любой фортель? Да ну. Союзники были не дураками, и о собственной безопасности заботились очень тщательно. Поэтому подписывать договор с японским правительством в целях безопасности и удобства было целесообразнее всего на территории США, пусть и в виде американского линейного корабля.