Потому что существовала опасность захвата Петрограда немцами, или интервентами, или контрреволюционерами.
Один историк высказал еще и такое мнение в своей книге: "Ленину якобы было очень некомфортно в Петрограде. Много неприятных воспоминаний, связанных с этим городом"
Но это лишь его невнятное мнение.
Большевики намного уютней чувствовали себя в Москве. Там у них было больше поддержки от населения. Это главная причина)
Самое простое и по мне самое понятное объяснение- Питер находится очень близко к границе, из-за такого положения он мог бы стать лёгкой мишенью в военное время.