С мутантами другая история.
Начнем с того, что есть те, которые применяют свои силы против людей, и вовсе хотят их уничтожить, вот Магнито например.
Потом у многих из людей икс имеют такие способности, что приводят в ужас людей! Взять допустим Мистик, она может стать даже самим президентом, Ксавьер может внушить что угодно кому угодно. Естественно люди их боятся.
Человек паук такой опасности не представляет, его способности, хоть и сверхестественны, но они не пугающие. А мутанты по сути могут что угодно, и люди не знают на что от них ожидать, это и вызывает страх и как следствие ненависть