Всё зависит от того, какой атмосферный процесс вызвал турбулентность. Самолет, попавший в зону турбулентности, испытывает болтанку. В зависимости от интенсивности болтанки это может всего лишь изматывать экипаж и пассажиров, вызвать воздушную болезнь, могут изнашивать детали фюзеляжа из-за разнонаправленных колебаний, а могут являться причиной больших перегрузок с деформацией фюзеляжа. Наибольшую опасность представляют сочетания мощных вертикальных потоков с частыми вертикальными порывами. Так, при восходящем потоке самолет, пытаясь сохранить высоту, перейдет в пикирование (нос вниз), таким образом развив максимальную скорость. Если в этот момент самолет будет пересекать восходящий порыв, то перегрузка может сломать самолет.
При нисходящем потоке, аналогично, экипаж будет стараться сохранить высоту, перейдет в кабрирование (нос вверх), то он потеряет скорость, а любой нисходящий поток переведет самолет на закритические углы атаки, при который подъемная сила мала. Самолет свалится в штопор.
Такие процессы возникают только в двух видах турбулентности: в мощнокучевых и кучеводождевых облаках, а также на границе струйного течения. Пилотам категорически запрещено залетать в кучеводождевую и мощнокучевую облачность. Струйным течением пилоты пользуются часто, если оно возникает в направлении маршрута (это здорово экономит топливо), однако такая мощная турбулентность, способная сломать самолет, возникает только в циклонических зонах. Обычно пилоты планируют вход в струйное течение заранее вне этих зон.
Подводя итог, можно сказать, что турбулентность в принципе неопасна.
Турбулентность не привела ни к одной катастрофе среди коммерческих авиалиний. Источник - фильм Трансаэро "Летаем без страха".