Чтобы ученик четко знал, что обращаются именно к нему. Вероятность, что в классе будет два ученика с одинаковой фамилией, меньше, чем с одинаковым именем. Кроме того, так легче запоминать учеников. Представьте, что у Вас учатся в четырех классах шесть Сергеев. Гораздо легче будет запомнить их по фамилиям, а по именам путаться будете.
Согласен с ответом Николая, однако, мне кажется, что все гораздо проще - в журнале все ученики записаны по фамилиям, и при вызове ученика первой в глаза бросается именно она, а потом учитель может просто привыкнуть называть учеников пофамильно.