Ну для начала организация получает статус, название которого, "иностранный агент", имеет негативную ассоциацию. Второй момент - организация вынуждают чаще отчитываться, и чаще проверяется, причем всеми, от налоговой и прокуратуры, до ФСБ и пожарников, но это не официально, официально же организация должна зарегистрировать свой статус в Минюсте, и везде указывать что она иностранный агент, всплывает та самая негативная ассоциация, ну и запрет на политическую деятельность, а под это дело можно записать все что угодно, а следовательно штраф. Серия штрафов и потом ликвидация организации, вот собственно говоря и все.