Для чего программы требуют перезагрузки после установки? И почему это нужно не всем программам?

Перезагрузка требуется тогда, когда ОС во время установки не может без перезагрузки выполнить некоторые изменения в системе.

Самый наглядный и понятный пример: необходимо обновить библиотеку или драйвер. Если в этот момент данная библиотека/драйвер использовались другой программой - обновить его было невозможно. В этом случае ОС запоминает, что это нужно сделать во время перезагрузки.

По этой причине существует рекомендация закрыть все остальные программы на время установки. Так вы сводите к минимуму вероятность того, что потребуется перезагрузка (хотя она всё равно может потребоваться, ведь некоторые программы работают всегда, в фоновом режиме).

Такие программы  вносят свои коррективы в параметры ОС (например  ключи реестра),  и  которые  сама ОС читает и запоминает только при загрузке.