Разница явно в присоединенных Республике Крым и городе федерального значения Севастополь. Но если их не учитывать, площадь РФ по моим расчетам все равно больше РСФСР. И вопрос становится более интересным. Единственное что приходит в голову, это возможно дело в:
Курилах
Калининградской области
урегулирования территориальных споров с КНР
ну или может каким то образом дело в Республике Тыве