Внешние факторы влияют на наш сон. Если вам жарко или душно, сон может быть страшным. Если хочется в туалет то во сне может идти дождь))) И так далее. Звонок будильника до того как он вас разбудил -тоже внешний фактор влияющий на ваш сон. Мозг во сне сам себе дорисовывает картинку- и ассоциации-преобразует звонок в стук или что либо еще во сне. Кроме того не забывайте что все субъективно. . Например вы проснулись от второго звонка а потом можете вспомнить что звонков было значительно больше.
Время во сне и восприятие времени во сне отличаются от реального времени. Реальный будильник уже начал звонить, а вы этого сознательно ещё не поняли, зато подсознание подкидывает вам в сон телефонный звонок и... вы просыпаетесь, и слышите как будильник "начал" звонить.