Отличный вопрос, спасибо! Эти различия плохо знают, а они очень важны для того, кто руководствуется не модой, а взаимопониманием с собакой. Как всегда, тут нет ничего особо хорошего и особо плохого - кому что нужнее.
Вообще-то это одна и та же порода, но в ней имеются так называемые внутрипородные типы. Придется начать с небольшого экскурса в прошлое.
История немецкой овчарки началась в конце XIX века. У этой породы есть свой "отец" - ротмистр австрийской армии Макс фон Штефаниц. Он написал книгу о немецкой овчарке, где важнейшей заповедью было: ЭТА СОБАКА ДОЛЖНА НАВСЕГДА СОХРАНИТЬ СВОИ РАБОЧИЕ КАЧЕСТВА И СВОЕ ПРЕДНАЗНАЧЕНИЕ. Замечу: не военное, как многие думают, а предназначение собаки, больше других способной к ЛЮБОЙ работе ДЛЯ ЧЕЛОВЕКА.
Восточно-европейские овчарки ведут свой род от "Адама и Евы", которых звали Диком и Азой. Это были отличные по тем временам немецкие овчарки, давшие в потомстве много прекрасных собак. В условиях России, в зоне тайги с суровым климатом естественное приспособление пошло таким образом, что восточно-европейская овчарка стала рослой и ширококостной собакой с устойчиво сангвиническим темпераментом и отличной способностью к дрессировке и обучению.
Эта собака намного лучше других понимает "сверхзадачу" в любой работе и сама придумывает, как ее реализовать наилучшим образом. Восточно-европейская овчарка, например, изобретает свои способы охраны, одной из важных особенностей которых всегда является принцип минимальной необходимой обороны. Она может увести врага от хозяина, как перепелка от гнезда, а потом перегородить подходы. И ни одного укуса, никаких поводов для скандалов и штрафов "за кровь". А один их моих овчаров, Акела, совершенно сознательно называл по именам всех членов семьи - конечно, в меру возможностей собачьего произношения.
В середине ХХ века возникла Международная Кинологическая Организация, принявшая в качестве главной задачи породного разведения НЕРАБОЧИЕ ПРИМЕНЕНИЯ СОБАК. Идея МКФ состоит в том, что пусть собака лучше не желает ничего, чем рисковать сделать не то. Вполне естественно, что и немецкая овчарка подверглась изменениям, принципиально нарушающим заповеди Макса фон Штефаница. Была совершенно искусственно изменена анатомия собаки (длины костей, углы сочленений, постав шеи и головы). Из-за этих изменений ее стали, в частности, плохо понимать другие собаки.
А если учесть тот признанный в науке факт, что изменения тела и изменения психики связаны определенным образом, то и психика изменилась. Понятно, что не в сторону сохранения и улучшения полезных качеств. Теперешний западный (точнее, МКФ-вский) тип немецкой овчарки менее устойчив психически, темперамент близок к холерическому. Способности к дрессировке и обучению заметно снижены, а от собственной изобретательности и вовсе мало что осталось . Не случайно проверка психики и дрессировки (т.н. кёрунг) превратилась в несложненькие цирковые номера - не чета когдатошней ДОСААФовской "сдаче на категорию"!
Еще пара слов о т.н. "баварском" типе или длинношерстной немецкой овчарке. Не удивляйтесь, но по законам генетики структура и длина шерсти тоже тесно связаны с особенностями нервной и психической деятельности. Макс фон Штефаниц особо указывал на то, что длинношерстные овчарки должны исключаться из разведения. Теперь же, когда многие придают повышенное значение "интересненьким", но далеко не положительным признакам, длинношерстные овчарки помаленьку входят в моду. Я даже знаю клуб, который специализируется именно на этом типе.
Но вот беда-то! Точнее, западня, подстроенная самой Матушкой-Природой! Разведение немецких овчарок западного типа в России приводит к тому, что собаки ВЫРАСТАЮТ И ВНЕШНЕ ПРИБЛИЖАЮТСЯ К ВОСТОЧНО-ЕВРОПЕЙСКОЙ ОВЧАРКЕ. Вплоть до того, что длины костей возвращаются к более естественным. Даже в тех питомниках, где никогда не используют восточно-европейских кровей.
Так что теперь Вы владеете добросовестной информацией и можете выбирать то, что Вам ближе.