К теории эволюции, как к таковой, никаких существенных претензий нет. Вообще. Главным образом потому, что эта "теория" может быть совершенно адекватно сформулирована так: Что выросло, то и выросло. Самые приспособленные в ней определяются, как те, что выжили, как с этим поспоришь?
Проблемы появляются, когда возникают конкретные вопросы про связь ДНК и мутаций, о том что такое "мусорная ДНК", как ДНК содержит память, какова скорость изменений. Вопросы такого уровня. А сама теория естественного отбора никаких сомнений не вызывает ни у кого мыслящего, а не верующего.