Дамблдор просто-напросто не знал о крестражах до определённого времени. О их существовании он начал догадываться только после событий, описанных в конце первой и второй части.
И полностью догадки Дамблдора подтверждаются лишь в "Принце-Полукровке", когда Гарри добывает подлинные воспоминания Слизнорта.