По сравнению с антибиотиками, бактериофаги в лечении бактериальных инфекции имеют как преимущества, ровно так и недостатки. Среди значительных преимуществ можно выделить в первую очередь то, что бактерии не приобретают резистентности (устойчивости) к фагам, как к действию антибиотиков. К тому же, бактериофаги не являются аллергенами, не имеют побочных эффектов, совместимы с другими лекарственными препаратами, и действуя на определённый вид бактерии, не вредят остальной микрофлоре организма, в том числе полезной. Последний пункт можно отметить также как один из основных недостатков фаготерапии. Воздействие бактериофагов на бактерии крайне узкоспециализированно, бактерии выведенные для одного территориального сегмента скорее всего не сработают в другом территориальном сегменте, так как штаммы бактерий одного и того же вида могут различаться, следовательно, они не могут иметь действия широкого действия. На данный момент открыто всего около ста видов бактериофагов, которые действуют на определённые бактерии (в их числе синегнойная палочка, стафилококк, стрептококк, кишечная палочка, энтерококк, клебсиелла пневмонии и др.).
Что касается перспектив, применение бактериофагов в современной медицине достаточно полезное открытие, но полностью заменить антибиотики они, скорее всего, не смогут.