Почему в слове "сочувствие " со- говорит о том что чувствуют вместе, в "соседи" - что вместе сидят, а в "сомнение" говорит не о едином мнении, а об обратном?

Потому что оно изначально было не "СОмнение", а "СУмнение", и приставка су- здесь означает "такой же, второй, двойственный" - как в словах суглинок ("как глина"), сугубый ("дважды повторенный"), супруг ("вдвоем тянущий") и т.п. Сомнение - это разделение мнения надвое.