В тестах на родство (не только на отцовство) не сравнивают полностью 23 пары хромосом одного и другого человека. Сравнивают некоторые участки хромосом, которые совпадают у родственников (взялись или от отца, или от матери) и сильно отличаются у людей не имеющих прямого родства. Сравнивать все участки дорого и долго.
Результат не всегда 99,9%, Вы ошибаетесь )
Если обнаружены несовпадения участков хромосом ребенка и родителей, то результат 100%. Если же несовпадения не обнаружены, то остаётся ненулевая вероятность, что мы нашли не отца, а уникального двойника с такими же отдельными участками ДНК.