Предполагаю, что это метафорическое осмысление. Нож, которым наносят удар, сравнивается с иглой, которая проникает в ткань при шитье. Для проверки надо бы посмотреть наиболее ранние фиксации слова "пришить" в значении "убить" и поверить, употребляли ли его именно в отношении убийства при помощи холодного оружия. Мне кажется, что да (например, про удушение или утопление жертвы, изначально не говорили "пришить"), но тут я полагаюсь скорее на память и языковую интуицию, а не на конкретный материал.
Ну а позднее так стали описывать убийство любым способом.