Почему в Москве третье кольцо называется именно третьим? Ведь по счету оно не третье. Ни с центра, ни со МКАДа.

Бульварное, Садовое и Третье. Что тут непонятного? 

Теоретически этих колец больше, но народу это не указ, и как традиционно было три, так три и остается в народном фольклоре.  Да и прочие "кольца" вряд ли можно назвать полноценными кольцами.