Я что-то не заметил, чтобы в тексте было указано, что между образованием республики и её падением прошло несколько тысяч лет.
Рекомендую прочитать вам отличную книгу "Дарт Плэгас" Джеймса Лучено, которая ответит на ваш вопрос. В ней как раз и повествуется о заговоре ситхов Дарта Плэгаса и Дарта Сидиуса (Палпатина). Описывается их путь к власти, реализация первых этапов плана по истреблению джедаев и формирование галактической империи.
О сути конфликта империи/республики и повстанцев/сепаратор так и не было сказано ни слова