Правда ли, что у трилогии "Матрица" первоначально был другой сценарий, в котором "реальный мир" - тоже часть матрицы, и никто никогда из неё не выбирался?

Нет, не правда. По крайней мере, я не нашла официальных подтверждений в интервью Вачовски и на английских ресурсах. По русскому сегменту интернета ходит вирусный пост о "первоначальном сценарии матрицы", о котором ничего нет в английской части сети. Скорее всего, это фанатская теория, но она возымела популярность, так как очень многое она бы расставила по своим местам.

Согласно этой теории, Нео, Тринити и Морфеус участвовали в битве за Зион. Тринити и Морфеус погибают, а Нео, взяв Навуходоносор, последний уцелевший корабль, поднимается наверх. На корабле, так же как и в снятом фильме, прячется Бейн-Смит, который ослепляет Нео и так же погибает. Далее ослепший Нео добирается до главного компьютера и испепеляет его и самого себя. Затем, по замыслу Вачовски, мы должны были наблюдать разговор целого и невредимого Нео с Архитектором, который рассказывает ему, что "реальный мир" -- ни что иное как второй уровень матрицы, созданный для того чтобы у людей была иллюзия надежды на свободу. Что на самом деле никто и никогда не покидал матрицу, и всё то, что мы видели в трёх предыдущих фильмах -- было напрасно. Кстати, события второй и третьей части в данной версии сценария были сильно урезаны. Потом нам должны были показать Тринити, Морфеуса и остальных героев битвы за Зион, безмятежно лежащих в своих капсулах в ожидании перезагрузки матрицы. 

Спасибо большое людям в комментариях, которые попросили пруфов.