Поддержу предыдущего ответчика: в русском языке, как и в любом другом, есть свои нормы. Они могут быть не всегда логичны и не всегда актуальны, но это нормы - поэтому если вы говорите по-русски, то вы говорите ''на Украине'', ''Алма-Ата'', ''Киргизия'' (а не ''Кыргызстан''), ''Киев'' (а не ''Кыив''). Так же, как в английском говорят ''Москоу'', а в финском говорят ''Пиетари'' вместо ''Санкт-Петербург''.
Если вы пишете на казахском языке , то правильным написанием будет - Алматы. На русском языке правильным написанием будет Алма-Ата. Это если вы пишете литературным языком, конечно , а со стороны разговорной речи оба названия правильны.