Да, про разную начинку сказали выше, но так же размер зависит от степени сжатия установочного пакета. При сильном сжатии репак может весить значительно меньше, даже без вырезанного контента, но установка занимает куда больше времени.
Начинка разная: в какой-то версии вырезаны 3D-заставки или музыка или просто медиафайлы представлены в сжатом виде. Обычно геймплею подобные "вырезания" не вредят, не встречалось ни разу.