Все ли эволюционные механизмы выгодны (например, какой биологический смысл гомосексуальности)? Есть ли такие, которые вредны?

Эволюционные механизмы не имеют никакой целенаправленности, так что об их "выгодности" можно говорить только образно. Ну, мне пожалуй выгодно, что мама пошла когда-то учиться на химика-технолога: потому что поехала по распределению из Гомеля в Архангельск и там за папу замуж вышла; - но мама точно поступала в техникум не с целью моей выгоды!))

Так и эволюционные механизмы: события просто происходят. Есть в популяции разброс вариантов любого признака в более-менее широком диапазоне: например, длина клюва или вариации на тему сексуальности с креном влево-вправо, и с экстремумами, крайними значениями. И есть вааще мутации. 

Отбраковывается только то, что даёт явный проигрыш в текущей ситуации. Кстати, гомосексуальность поэтому очевидно нет)) Для популяционного выживания, получается, она как минимум нейтральна.

Я бы перефразировал вопрос: "Все ли генетические мутации способствуют повышению выживаемости организма?". На такой вопрос я бы ответил "нет". Генетические мутации не имеют направленности и имеют случайный характер. Они могут как повышать, так и понижать выживаемость организма, а также быть нейтральными.

Вредны с точки зрения кого — вида или особи? С точки зрения особи таких механизмов пруд пруди, например, у старых животных выпадают зубы, и они умирают от голода, хотя могли бы пожить еще какой-то промежуток времени. С точки зрения вида это разумно, надо дать дорогу (еду, территорию) новому поколению, а вот с точки зрения особи не очень. 

Плюс, как тут написали, некоторые изменения несут и плюсы и минусы. Очень яркий пример - прямохождение. Его преимущества очевидны, зато есть огромный недостаток — у нас существенно сложнее проходят роды чем у других животных, высокая смертность матерей и детей, из-за строения таза. Конечно, при текущем уровне развития медицины уже не так все плохо, но раньше было грустно.

Не стоит путать эволюционные механизмы и биологические в целом.

Биологические механизмы, устойчиво проявляющиеся в популяции, либо полезны, либо являются следствиями конвергентных мутаций (что не отменяет первого, но может быть и вредным), либо являются следствиями поддержки отбором сцепленных с ними полезных механизмов.

К последней группе относится и упомянутый в посте гомосексуализм. Как минимум некоторые генетические аллели, делающие мужчин предрасположенными к гомосексуализу (эти аллели чаще встречаются у геев), делают женщин-носительниц более фертильными (чаще встречаются у многодетных матерей). То есть отбор поддерживает повышенную фертильность женщин, но вместе с ней ползет и гомосексуализм. 

Как-то так.