Если Дмитрий Медведев «сообщил утром» Владимиру Путину о том, что задержан Улюкаев, значит ли это, что ФСБ не согласовывает с Путиным арест министров?

Нет. Это значит, что решение арестовать его при наличии достаточных оснований уже было принято. А этот момент наступил, когда наступил. Вот Путину и доложили, что "свершилось" !