Проще простого. Не могу отвечать за всех, но в Сбербанке это совершается через их главное приложение. Открываете апп, выбираете карту и подключаете Apple Pay в одно касание
Добавьте карты в Wallet и оплачивайте покупки. Для использования карты по умолчанию дважды нажмите боковую кнопку, если у вас iPhone с Face ID. Если iPhone с Touch ID, то чтобы использовать карту по умолчанию, положите палец на датчик Touch ID. Удерживайте верхнюю часть iPhone рядом с бесконтактным устройством считывания, пока на дисплее не появится надпись «Готово» с галочкой.
Приложение Яндекс.Денег не просто настроено для работы с Apple Pay, в нём можно одной кнопкой выпустить виртуальную MasterCard для бесконтактных платежей (то есть если ваша основная карта не поддерживает Apple Pay — вы можете просто пополнять свой кошелёк на Яндексе и всё равно платить через Apple Pay).