Насколько я знаю, никакого научного обоснования нет. Теоретически, употребление алкоголя в больших количествах может уменьшить реакцию иммунитета на вакцину (что ничем, кстати, не доказано).
В любом случае, умеренное употребление алкоголя (в пределах 50-75 мл чистого алкоголя в сутки) не может повлиять на эффективность вакцинации. И никаких доказательств того, что употребление более значительных доз алкоголя сказывается на эффективности вакцинации, я также в научной литературе не встречал.
Официальная инструкция вакцины, действительно, запрещает употребление алкоголя в период вакцинации. Но я (честно) не знаю, почему.