Видимо дело в традиции именования и в масштабе построений.
Теория в общем случае — это формальное описание мира, модель, которая согласуется с известными законами природы и позволяет делать некоторые предсказания.
Гипотеза — это предположение, которое может быть сформулировано в рамках той или иной теории.
Строго говоря, теория струн — это даже не одна теоретическая модель, а целое семейство, или даже древовидная структура таких описаний, каждая из вариаций которой отражает те или иные варианты устройства мира, который на данные момент представляются возможными и не противоречат ныне известным законам.
Формально все теоретические построения в теории струн (бран) являются гипотезами. А сама теория струн (ни одна из её варианций) не является подтверждённой. И опровергнутой тоже не является. Собственно, до конца она даже не разработана )
Таким образом, теорию струн принято называть именно теорией, потому что она подобно гипотезе не сводится к одному единственному предположению, а представляетс собой сложную, взаимосогласованную теоретическую систему, построение которой на данный момент еще до конца не завершено.
Пока не пришли эксперты, вот мое обывательское объяснение:
Теория струн – это общее название ряда физических гипотез и математических абстракций. ТС является математической теорией, но не физической теорией. Это физическая гипотеза, потому что физические предсказания, которые дает ТС, пока невозможно подтвердить или опровергнуть.
То есть с позиций физики это все таки должно называться гипотезой?