Что будет если при работе сканера открыть его крышку ?

Эм, ничего.

Вообще эти крышки съемные и сделаны исключительно ради удобства. Единственный казус, который может произойти, это засвеченные края, если вы недостаточно прижали документ, если он довольно толстый.