Античность. Греция. Левкип и Демокрит создают атомистическую теорию, согласно которой всё состоит из атомов. Разумеется увидеть атомы они не могли, но всё довольно хорошо согласовывалось теоретически. Увидеть атомы люди смогли с изобретением микроскопов.
Вещества имеют разные свойства в связи с разными количественным и качественным составами. Атомы имеют разное число электронов, протонов, нейтронов, в связи с чем и ведут себя по-разному. Вещества имеют разные цвета в связи со своей отражательной способностью. А агрегатные состояния веществ связаны с разной плотностью атомов в молекуле. Если расстояние между атомами в молекуле достаточно большое, то вещество газообразное, если атомы расположены достаточно плотно - твёрдое.
Потому что существуют разные атомы. Разные атомы имеют разный заряд ядра. В зависимости от этого могут качественно отличаться по свойствам (металлы/неметаллы и.т.д.). Подробнее - в таблице Менделеева.