При неврозоподобной форме заикания нарушаются подкорковые образования, обеспечивающие просодическую сторону речи: экстрапирамидная система, таламус, гипоталамус, подкорково-мозжечковые ядра. При невротической форме нарушается взаимодействие между корой головного мозга и подкорковыми структурами (нарушается работа ретикулярной формации).