В течении одной ночи вы несколько раз проходите через "быстрые фазы сна", эти фазы перемежаются с "медленными фазами сна". Просыпаться надо в быстрых фазах, тогда будет легко проснуться. В этих фазах вы почти не спите. Есть специальные программы-будильники для смартфонов, которые по вибрации (акселерометром) определяют когда вы в быстрой фазе и будят вас. Вибрация тут при том, что в быстрой фазе люди нередко ворочаются или начинают что то бормотать. Вот в эти моменты вы и просыпаетесь нередко. Обычный будильник такого не умеет, потому и будит вас когда попало, а поэтому пробуждение менее комфортно.
Потому что есть такая вещь как биологические часы, то есть человек, просыпаясь сам, просыпается когда ему нужно, проходя все фазы сна. А когда вы просыпаетесь по будильнику, вы прерываете одну из фаз, от того ваш организм и требует "посмотреть" ее до конца