есть несколько вариантов
если это гастроэнтерологические препараты (то есть то что вам прописал гастроэнтеролог или типа того) то тут обсуждать особо нечего, препараты влияют на пищеварение и должны попадать в нужный отдел в нужный момент процесса.
есть препараты, на активность которых влияет уровень кислотности желудка, а она в свою очередь зависит от того когда вы поели
есть препараты, которые сами влияют на кислотность желудка, например повышают её, что может негативно сказаться на здоровье, поэтому в инструкции пишут, например принимать во время или после еды, чтобы уменьшить вред.
Лекарств великое множество и действие их разнопланово и разными путями осуществляется, поэтому подобное указание может быть по разным причинам. Я попыталась вам максимально просто ответить. Если интересно конкретное лекарство напишите название)