Сегодня эту фразу слишком часто понимают неправильно и применяют в тех случаях, когда делать этого не следует. Изначально же она появилась еще в I веке до н.э., а что означала, - можно прочитать, например, здесь.
Таким образом, любое исключение, на самом деле, не подтверждает, а опровергает соответствующее правило, но сам факт наличия исключения говорит о том, что имеется и правило, к которому оно относится.
Это значит что приведенный в качестве опровержения пример настолько экзотичен что скорее подтверждает общую тенденцию чем ее опровергает.
Давайте на примере.
Утверждение: у девушек нет члена
Опровержение: а мой друг летал в Малайзию и там увы, встретил.
Итог: Вы ведь теперь не будете считать что у каждой девушки есть член, опираясь на горький опыт того "туриста", верно?