Ну во-первых, по-русски пишется -учиться В магистратуре-, а не -НА магистратуре-.
Во-вторых, магистратура была введена в российское образование совсем недавно для унификации с европейской системой образования, а раньше это был пятый и шестой год обучения в ВУЗе. Так что ничего страшного там нет - изучаются обычные предметы по специальности и пишется магистерская диссертация, которая раньше называлась дипломной работой. Единственное отличие магистратуры от специалитета - это больший срок обучения, ну и псевдонаучная имитация в обучении. Поэтому, если есть возможность закончить специалитет, то лучше пойти туда. Так Вы сэкономите очень много времени, сил, нервов и средств (денег), которые можно потратить на обучение в аспирантуре (если уж так хочется учиться дальше и заниматься наукой).
Смотря какую магистратуру вы выберете!
Есть те, где нужно забыть все, чему вас учили в бакалавриате и постигать все заново и очень интенсивно, а есть и такие, где за 2 года просто повторите былое. Смотрите программы и отзывы!