Если мониторы находятся на достаточном расстоянии от ваших глаз, имеют достаточно удобное разрешение и не слишком яркие, то нет, никакого дополнительного вреда для глаз, по сравнению с использованием одного монитора, нет. Давайте глазам отдых время от времени, не делайте разрешение слишком мелким и не сидите в темноте.
А что непривычно, так это быстро пройдет.