Начнём с того, что ЕС - не государство, в отличие от СССР, это международная организация. СССР же был "федерацией высшего типа", что это такое - никто толком не знал, но тогда всё было "высшего типа". Считается, что "высший тип" федерации СССР давало право сецессии - выхода из состава государства. Тем не менее, процедура этого самого выхода была прописана только через 65 лет после принятия конституции, на деле же этого права выхода не было. В ЕС процедура толком тоже не приписана, но, как мы видим на примере Великобритании, у государств это право есть.
В СССР центральное место занимала идеология коммунизма, в ЕС идеологии нет.
ЕС - наднациональная структура. Чиновники ЕС не назначают глав государств-членов, в отличие от СССР.
В ЕС нет единой валюты. Точнее, она есть - евро - но не все страны обязаны ею пользоваться (Дания - член ЕС, валюта - крона).
Это только небольшой список из всех различий. В целом, сравнивать ЕС и СССР - неверно в корне, потому что одно - организация, а другое - государство.