Если имеется ввиду оригинальные файлы движка сайта -- то просто записываешь как есть.
Если имеется ввиду дамп сайта -- нужно искать специальные программы для снятия снепшота страниц сайта с автоматической перелинковкой страниц. Или же пользоватся специальными сервисами вроде сервисов с даного списка:
http://geek-nose.com/skachat-sajt-celikom-kakoj-servis-vybrat/#obzor-on-8211-line-servisov-dlya-skachivaniya-sajtov
Есть программы для загрузки сайтов, например Offline Explorer или Teleport Pro.
Можно использовать консольную программу wget http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htm , с помощью комманды wget -r -k -l 7 -p http://site.com/ можно скачать http://site.com