Гравитация, как и ее отсутсвие, никак не влияет на головную боль, так как эти ощущения представляют из себя сигналы нейронов, которые передаются без влияния извне.
Поэтому космонавты потенциально испытывают ее так же, как и мы. Разница лишь в том, что они лучше подготовлены и проходят специальный медицинский отбор, вследствие чего у них, скорее всего, не будет типичных заболеваний, от которых бывает головная боль.