Скажем так, они были завоеваны. Это типичная история для Древнего мира да и Средневековья. Более сильный поглощает более слабого. Египет на тот момент был могущественным государством, который много воевал с соседями и расширял свои земли и влияние. Вот, например, историки полагают, что тот фараон, что является одним из главных действующих лиц Исхода - это Рамзес II. Есть разные версии, но версия про Рамзеса - наиболее распространенная. Так вот, Рамзес - один из величайших фараонов в долгой истории Египта. Его именовали А-Нахту, то есть, Победителем. При нем Египет постоянно вел довольно успешные войны с другими державами, в том числе и с Хеттским царством. Естественно, что народы и культуры, что находились поблизости от Египта попадали в лучшем случае под его влияние. И все же, рабство евреев в Египте едва ли было таким, как оно описано в Библии. Рабы в царстве использовались не только как рабочая сила. Но это уже другая история.
Возможно, евреи, будучи в рабстве, строили пирамиды?
Всё очень просто. Израиль в древности завоёвывал и Египет, и Вавилон, и Рим. Все эти завоевания кончались тем, что население вывозилось в рабство. Обычная практика в древности, для того завоевания и делались.
Научных оснований считать, что евреи были рабами у египтян, а потом ушли - нет. Скорее всего, это легенда, в которой отразились воспоминания о связях населения Ханаана с Египтом.